Çok büyümediği sürece bu böbrek kistik lezyonlarına cerrahi müdahale gerekmez ve eğer kistler, yüksek tansiyon, iltihap ve böbrek yetmezliği gibi ciddi sorunlara neden olmuşsa tedavisi yapılır. Genetik olarak görülen kistlerde yakın akrabalar da kist yönünden taramadan geçirilmesi gerekir.
İyi huylu böbrek kisti lezyonu yaygın olarak görülür. Elli yaşın üzerindeki kişilerin %50 civarında bir ya da daha fazla böbrek kisti lezyonu gözlemlenir. Erkeklerde kadınlara oranla daha sık görülür. Bu kistin tümöre dönüşümü çok düşük oranda görülmektedir.
Genelde tedavi gerektirmezler, kist ağrı yapıyorsa, böbrek taşları kiste eşlik ediyorsa, tansiyon şikâyetleri varsa ameliyatla kistin alınması gerekir. Yapılan bu işlemler eskisi gibi açık cerrahi ile değil de kapalı ameliyatla, herhangi bir yara açmadan, kanama riski olmadan yapılmaktadır.
Fakat eğer böbrekteki kistik lezyon tomografi ile değerlendirildiğinde kistin içindeki sıvı şeffaflığını yitirmişse ve kanama gibi bir durum söz konusu ise normalde ince ve düzgün olan kist duvarı kalınlaşmış ise ve buna benzer ciddi belirtiler söz konusuysa kist tedavisi değil de tümör için düşünülen tedavi seçeneklerinin uygulanması daha doğrudur.
Kistleri olan hastalar senede en az bir kez ultrason veya tomografi ile kontrollerini yaptırmalıdır. Erken teşhis her zaman önemlidir ve tedavi şansı her zaman vardır.